Par Héloïse Chapuis
De la chauve-souris, le SARS-CoV-2 aurait été transmis au chien et y aurait évolué vers la forme qui lui aurait permis d’infecter l’Homme, selon une étude.
Chauve-souris ? Pangolin ? Serpent ? Nombre d’hypothèses se sont succédé depuis l’émergence du SARS-CoV-2 afin de déterminer son origine animale. Depuis maintenant plusieurs mois, des scientifiques du monde entier sont à la recherche de l’hôte intermédiaire qui a permis au virus de passer des chauves-souris, dont on sait qu’elles abritent de nombreux coronavirus, à l’Homme. D’après un chercheur canadien de l’Université d’Ottawa (Canada), c’est du côté des chiens errants qu’il faudrait regarder. « Nos observations ont permis la formation d’une nouvelle hypothèse sur l’origine et la transmission initiale du SARS-CoV-2« , introduit ainsi le Dr. Xuhua Xia son étude publiée dans la revue Molecular Biology and Evolution.
Un piège pour les virus…
Chez les virus à couronne, le matériel génétique est sauvegardé dans un brin d’ARN, une simple séquence de nucléotides. Les “lettres” A, U, C et G, qui se suivent le long du brin forment un code, dont le déchiffrage par des unités synthétiques permet de fabriquer toutes les protéines sans lesquelles les fonctions vitales ne peuvent être assurées. Dans certains génomes, on trouve par endroit une séquence répétitive dans laquelle alternent des nucléotides C et G sans interruption. Ces sites, appelés des îlots CpG, sont plus ou moins longs mais ne passent pas inaperçus.
En effet, ils sont repérés par une protéine antivirale appelée ZAP qui décèle donc la présence de tous les virus dont le génome contient des séquences CpG. Selon l’Atlas des protéines humaines, ZAP est exprimé dans toutes les parties du système digestif (mais modérée dans le poumon et le nasopharynx), mais aussi dans la vessie, les appareils reproducteurs masculins et féminins, le sein, le pancréas, les reins, et surtout dans le système lymphatique (ganglions lymphatiques, rate, appendice et amygdale).
Lorsque ZAP a pris connaissance de l’existence d’un CpG, il s’y attache via son domaine de liaison à l’ARN afin d’inhiber la réplication virale et de dégrader le génome du virus. En d’autres termes, les îlots CpG de l’ARN du virus trahissent sa présence et le destinent à être détruit par les protéines ZAP de son hôte. « Pensez qu’une diminution de la quantité de CpG dans un agent pathogène viral est une menace accrue pour la santé publique, alors qu’une augmentation de la quantité de CpG diminue la menace de ces agents pathogènes viraux« , a déclaré Xia. « Un virus avec une quantité accrue de CpG serait mieux ciblé par le système immunitaire de l’hôte, et entraînerait une réduction de la virulence, ce qui serait semblable aux vaccins naturels« .
Seulement, il semblerait que certains virus aient “compris” le piège et se soient adaptés en conséquence : pour éviter de se faire repérer, il fallait se débarrasser des séquences CpG.
… que certains coronavirus ont appris à détourner
Les pistes les plus explorées dans l’effort de détermination de l’origine animale du SARS-CoV-2 sont celles de la chauve-souris et du pangolin. Ces deux animaux portent deux variantes bien distinctes du virus, respectivement nommées BatCoV RaTG13 et pangolinCoV. Tous les types de coronavirus connus ont été répertoriés et sont disponibles dans la base de données GenBank qui contient 1.127 génomes uniques dont 927 ont des désignations d’origine explicites. Le génome du BatCoV est le parent phylogénétique le plus proche du SARS-CoV-2, avec lequel il partage 96 % de son ARN. Parmi ces similitudes, le SARS-CoV-2 et le RaTG13, suivis de près par le pangolinCoV, ont le taux de plus faible de sites CpG dans leur génome par rapport à tous les autres coronavirus. « Le schéma le plus frappant est un changement isolé mais spectaculaire de baisse des CpG génomiques viraux dans la lignée menant au BatCoV RaTG13 qui aurait été prélevé sur une chauve-souris (Rhinolophus affinis) dans la province du Yunnan en 2013 mais qui n’a été séquencé par l’Institut de virologie de Wuhan qu’après l’apparition de l’infection par le SARS-CoV-2 à la fin de 2019« , a déclaré Xia.
Selon le scientifique, “le virus a probablement évolué dans un tissu à forte expression ZAP, ce qui favorise les génomes viraux à faibles CpG. Ensuite, et c’est le plus important, la survie du virus indique qu’il a réussi à échapper à la défense antivirale à médiation ZAP. En d’autres termes, le virus est devenu furtif et dangereux pour l’Homme.” L’ancêtre commun du BatCoV RaTG13 et du SARS-CoV-2 pourrait ainsi avoir évolué dans un tissu de mammifère présentant une forte expression de ZAP et être arrivé à posséder un taux de CpG exceptionnellement bas afin d’échapper aux radars. C’est en parcourant la base de données GenBank qui répertorie tous les coronavirus découverts à ce jour que Xia a s’est penché sur le chien.
A suivre …
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